Der Große Heidesee weist die typischen Merkmale eines Sandabbaugewässers auf. Er ist teilweise sehr tief und dadurch in weiten Bereichen sauerstoffarm bis sauerstofflos. Aufgrund des fehlenden Lichts in der Tiefe und schlechten Wurzelmöglichkeiten an den teils steilen Uferkanten können sich Pflanzen kaum ansiedeln. Daher ist er relativ nährstoffarm und strukturschwach. Nach dem Kauf zweier Gewässergrundstücke am Großen Heidesee mit insgesamt ca. 12 ha gilt es nun das Gewässer aufzuwerten und Maßnahmen zu ergreifen, um die Reproduktion der Fische zu verbessern.

Als erste Maßnahmen wurde ein Unterhaltungsverband beauftragt, die sogenannte „Blaue Lagune“ wieder an den Großen Heidesee anzuschließen, da sich das Wasser dieses flachen Kleingewässers im Frühjahr zur Laichzeit einiger heimischer Fischarten schneller erwärmt und so eine günstige Laichtemperatur gewährleistet wird. Der UHV hat die seit Jahren zugewachsene und teilweise trocken gefallene Verbindung frei geräumt, so dass die Fische wieder wechseln können. Die „Blaue Lagune“ soll so zur Laichstube entwickelt werden. Damit die Fische Schutz vor den Kormoranen finden, deren Bestand sich auch am Großen Heidesee rasant ausbreitet, wurden am Ufer der „Blauen Lagune“ wachsende Bäume gefällt und in das Wasser fallen gelassen. Die Fische haben nun die Möglichkeit, sich zwischen den Zweigen zurückzuziehen und dem schwarzen Vogel zu entfliehen. Diese Maßnahmen haben sich am Plöner See bewährt und sollen nun auch hier erprobt werden. Da es am Großen und Kleinen Heidesee ausreichend Angelmöglichkeiten gibt, wurde die „Blaue Lagune“ außerdem als Schongebiet ausgewiesen, in der das Angeln und andere Freizeitaktivitäten verboten sind.