Obwohl der Schleptruper See – bis auf den Zeitraum des Baggerseeprojektes – ständig mit Fischen besetzt wird, ist er sehr ertragsarm. Das zeigen die jährlichen Fangergebnisse. Deswegen soll er strukturell aufgewertet werden, um die natürliche Reproduktion der Fische zu verbessern. Die Arbeiten werden vom 1. Feb. bis voraussichtlich Ende März andauern. In dieser Zeit wird der Schleptruper See wegen erhöhter Unfallgefahren fürs Angeln und Spazierengehen gesperrt.

Als sogenannter Baggersee verfügt der Schleptruper See nur über wenige ökologisch wertvolle Strukturen, zudem Renaturierungen Ende der 1960er Jahre noch nicht angesagt waren. Steil abfallen Ufer bis zum Gewässergrund und überwiegend tiefe Gewässerbereiche bis in eine Tiefe von 10,3 Metern bieten wenig Entwicklungspotential für Flora und Fauna.

Dies bestätigt auch die Studie zum Baggerseeprojekt, ein Gemeinschaftsprojekt des Leibniz-Instituts für Gewässer-ökologie und Binnenfischerei (IGB), des Anglerverbands Niedersachsen e.V. (AVN) und der Technischen Universität Berlin (TU), in Kooperation mit der Hochschule Bremen (HSB). Der See wurde als sehr strukturarm bewertet, mit einem geringen Nährstoffgehalt (oligotroph) gem. LAWA Trophieklassifikation. Der Sauerstoffgehalt unterhalb einer Gewässertiefe von fünf Metern tendiert im Herbst gen 0 mg/l. Als Fazit wurde festgestellt, dass insbesondere die Schaffung von Flachwasserzonen die biologische Vielfalt in dem Baggersee erheblich fördern würde. Auch der Eintrag von Totholz kann die Situation verbessern. Deswegen ist beabsichtigt, die Uferzone stellenweise abzuflachen und ein Feuchtbiotop zu erstellen.

Am Ostufer des Schleptruper Sees soll eine Flachwasserbucht mit einem vorgeschobenen Flachwasserplateau entstehen. Ziel ist es, einen naturnahen Uferabschnitt zu schaffen, mit dem allmählichen Übergang von der Unterwasserpflanzen- zur Schwimmblatt- und zur Röhrichtzone, entsprechend des Leitfadens „Maßnahmenplanung Oberflächengewässer –Teil B Stillgewässer des NLWKN vom 30.06.2010. Daran anschließen soll sich ein großflächiges, flaches Feuchtbiotop, dass mit der Flachwasserbucht über einen kurzen Gewässerlauf verbunden wird.

Neben vorhandenem Schilf und Rohrkolben sollen weitere Wasserpflanzenarten, insbesondere Schwimmblattpflanzen angepflanzt werden. Umfangreich eingebautes Totholz soll die Entwicklung von Makrozoobenthos fördern. In den flachen Bereichen kann sich das Wasser im Frühjahr und Frühsommer leichter erwärmen als im tiefen See. Für Fische und Amphibien wird so ein wertvoller Laichplatz und Rückzugsort geschaffen. Die biologische Vielfalt, auch der Avifauna wird durch die Maßnahmen erheblich verbessert.

Die Niedersächsische Bingo Umweltstiftung unterstützt diese Maßnahmen mit einem Förderbeitrag, der etwa 90 % der Gesamtkosten ausmacht.